リモートで働くエンジニアが苦労するのは、モチベーションの維持です。
リモートワークではリラックスをして仕事ができる反面、モチベーションの維持は難しいです。
会社であれば仕事をしないと周りの目がありますし、無理にでも仕事をします。
しかし、リモートワークでは自分しかいないことが多いので、自分でモチベーションを上げるしかありません。

パソコンの前に座っている時間を決めておけば、その時間は集中することができるでしょう。
モチベーションが下がったときには、気分転換をするなどの方法考えておくと、役に立つことが多いです。
また、そのためには環境を整えることも重要です。
仕事をする環境が整っていれば、モチベーションを維持することが楽になります。
座り心地のいい椅子、見やすい画面、打ちやすいキーボードなど、自分の仕事に役立つアイテムは揃えておくことが大事です。
そのような環境が整うと、モチベーションの維持には役立つでしょう。

他に苦労する点はコミュニケーションです。
会社側と上手くコミュニケーションがとれなくて、成果物にクレームがつくことがあります。
細かい点までしっかり確認しておかないと、最後で問題になることは多いです。
コミュニケーションはリモートで働いていても会社とこまめに取ることが重要です。
さらに、疑問やゴールについて、相互理解をしておくとコミュニケーションでの苦労が減ります。
コミュニケーションを綿密に取ることで、いい成果物が出せるようになります。